Dalam menjalankan segala program dalam rangka pemerataan pembangunan dan penggalian potensi baik fisik maupun non fisik di Desa Mekarmulya. Pemerintah Desa Mekarmulya selalu bersinergi dan bekerjasama dengan lembaga-lembaga dan organisasi yang ada di Desa Mekarmulya. Lembaga dan Organisasi serta badan usaha yang ada di desa Mekarmulya adalah :
- BPD Desa Mekarmulya
- LPMD Desa Mekarmulya
- MUI Desa Mekarmulya
- Gapoktan Mekarsaluyu
- PKK Desa Mekarmulya
- Karang Taruna Desa Mekarmulya
- BUMdes